427，新疆回亂
1862年——1871年 清軍攻破天京，亡太平天國。陝甘、新疆相繼爆發回亂。
再說太平天國丟了安慶之後，向西發展受阻，隻得專心向東發展。李秀成率軍攻克寧波，再克杭州，再攻上海。
英法聯軍在上海布防，並且用軍艦接來李鴻章率領的淮軍。華爾率領的“洋槍隊”吸收當地的中國人入伍，擴編為五千人。中外各路兵馬合力抗拒太平軍。
太平軍人數雖多，火力不行，進攻上海失敗。
中外聯軍乘勝反攻，攻陷寧波。
曾國藩在西路也趁勢向天京逼近，連下數城，殺至雨花台（江蘇南京雨花台區）附近。清軍完成對天京的戰略包圍。
洪秀全急調各地太平軍回京勤王。
李秀成放棄東征率軍回援。在他走後，東征攻占的城池陸續丟失。
李秀成趕回天京，指揮部隊向湘軍大營發起猛攻。兩軍大戰44天。湘軍損失三分之一。太平軍損失更嚴重，不得不主動撤圍，退入天京。
天京軍資儲備不足，缺衣少食，饑寒交迫。洪秀全擔心軍心不穩，讓李秀成渡江北上籌集糧草。
李秀成率軍渡江之後往西打，希望逼迫湘軍撤圍西返。
但曾國藩不為所動，趁機向天京發動進攻。他的弟弟曾國荃率領湘軍攻陷雨花台，迅速推進到天京城下。
洪秀全亂了方寸，急令李秀成率軍回援。李秀成無奈隻得放棄西征，率軍南渡長江。
曾國藩指揮江北軍隊對李秀成圍追堵截。李秀成不惜一切代價往回趕，冒著清軍密集的炮火強渡長江。太平軍一去一回損失了十幾萬人，元氣大傷。
回到天京的李秀成勸說洪秀全放棄天京，以運動戰跟清軍周旋。
洪秀全斷然拒絕，稱：“朕鐵桶江山，爾不扶有人扶；爾說無兵，朕之天兵多過於水，何懼曾妖（指曾國藩）者也乎。”
清兵和洋兵步步逼近。太平天國不斷喪師失地，最終隻剩下天京孤城。
1864年，無計可施的洪秀全服毒自殺。
也有人說洪秀全是食物中毒。臨死時，他對身邊的人說，你們給我頂住，我去西天找我父兄借兵。很快就會有天兵天將下凡救我們。
太平軍一直堅守到彈盡糧絕也沒等到天兵天將。湘軍炸開城門衝了進來。李秀成隻得帶著洪秀全的兒子奪門而逃，在逃跑途中雙雙被捕、被殺。
李秀成寫下十多萬字的自供狀試圖求得坦白從寬，但寫完之後還是被殺掉了。
洪秀全的兒子洪天貴雖然隻是個十幾歲的孩子也慘遭殺害，並且是千刀萬剮。
堅持了十幾年的太平天國終於煙消雲散。
不過太平天國雖然滅亡了，太平軍還繼續堅持了很長時間。北方太平軍殘餘和當地撚軍聯合以運動戰、遊擊戰與清朝周旋。
撚軍又叫撚匪。“撚”是淮河一帶的方言，是一股一撥一夥的意思。他們本來是活躍在淮河流域似匪似盜的非法組織，在太平軍北上時群起響應加入了太平軍。不過他們的加入屬於“聽封不聽調”，仍然保留自己編製。
太平天國滅亡後，撚軍恢複匪的狀態，不再為建邦立國奮戰，僅僅為了江湖存身。殘餘的太平軍反過來加入了撚軍一起行走江湖。
清軍圍剿一直不見成效。清廷就把剿匪的任務交給了李鴻章的淮軍。
李鴻章不負眾望最終平息了撚亂。他因功被封為湖廣總督，跟老師曾國藩平起平坐。
洪秀全和太平天國到此就算告一段落。
還好，太平天國失敗了。如果太平天國取勝，中國就有可能成為一個政教合一的國家。那我們過禮拜天就得真的要去做禮拜了，並且要過和尚尼姑的日子。不過，洪秀全畢竟是為了一種理想、一種信仰而戰，不是為了私利私欲。他領導的太平軍還是當得起起義軍三個字的。
漢人將領在剿滅太平軍和撚軍過程中起到關鍵作用。戰爭結束後，慈禧封曾國藩為侯爵，封曾國荃、李鴻章、左宗棠等為伯爵。
不過曾國藩兄弟在戰後落下個外號“曾剃頭”、“曾屠戶”。因為他們殺人太多了。曾國荃攻破天京後，以搜查太平軍的名義屠城。“三日之間斃賊共十餘萬人，秦淮長河，屍首如麻”。“沿街死屍十之九皆老者，其幼孩未滿二、三歲者亦斫戳以為戲。匍匐道上，婦女四十歲以下者，一人俱無；老者無不負傷，或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四遠”。當時城中隻有萬餘太平軍。曾國荃所殺的“賊”裏麵大部分是無辜的百姓。這是湘軍版的“南京大屠殺”。
清朝在平定太平天國之後進入相對的安定期。
雖然各地仍有太平軍或撚軍殘餘，但已無關大局。唯一麻煩點的是陝甘地區回民變亂和新疆回民叛亂，清廷派左宗棠率軍去圍剿。
列強和清朝聯手剿滅了洪秀全以後，關係進入蜜月期。偶有齷齪也是因為民間對洋人、洋教的抵製。各地都有百姓怒砸教堂、殺死洋人的騷亂發生。清廷盡量處理得讓洋人滿意。
1864年，新疆庫車爆發叛亂。
清朝的伊犁將軍常清急派一千清兵前去平亂。但清兵還沒趕到庫車，庫車就已經被叛兵攻陷。叛兵以當地阿訇（相當於牧師）熱西丁為首在庫車建立了一個政教合一的割據政權。
熱西丁是一個狂熱的宗教JD分子，喊出“伊斯蘭的寶劍已經砍到了異教徒的頭上”的口號，煽動維吾爾人屠殺滿、蒙、漢、藏、回等非維吾爾族人。
熱西丁分兵四出，沿途大殺所謂“異教徒”和“叛教者”。南疆地區隨即騷動起來。
迪化（烏魯木齊）的回族阿訇妥明也趁機聚眾作亂，攻擊滿、蒙、漢等族。北疆也跟著亂了。
當時清廷正全力以赴對付太平天國，無暇顧及新疆，希望新疆靠自身力量平亂。但新疆駐軍隻有萬把人，根本無力對付已呈燎原之勢的全疆大暴亂。
很快，伊犁地區也爆發叛亂。叛兵攻陷伊犁將軍的駐地惠遠（新疆伊犁霍城縣）。伊犁將軍全家自焚而死。叛軍首領艾拉汗在伊犁自立為蘇丹（相當於國王）。
清軍在叛軍的攻擊下節節敗退，最後隻剩下東疆少數地區。
喀什的柯爾克孜族首領司迪克為了抵抗熱西丁請浩罕汗國出兵援助。浩罕汗國對喀什垂涎已久，立即派大將阿古柏率軍進駐喀什。阿古柏進了喀什，反客為主，鳩占鵲巢，把司迪克趕跑了。
阿古柏和熱西丁對決，大勝熱西丁。阿古柏相繼占領南疆八城，建立了“哲得莎爾”汗國。
做了大汗的阿古柏開始新疆統一之戰，率軍北上跟妥明決鬥。阿古柏在決戰中再次勝出，逼降了妥明。
新疆大部已歸阿古柏所有，隻有西部的伊犁和東部的哈密在維吾爾叛軍和清軍手中。
阿古柏率軍殺向伊犁。
沙俄對伊犁早已垂涎很久，絕不允許阿古柏染指。
沙俄早在艾拉汗占據伊犁後便準備出兵爭奪伊犁，派出間諜入境偵察。結果間諜或被當地人打死，或被活擒。
沙俄便以此為借口，出兵伊犁。
1871年，沙俄軍隊打著替清朝收複叛亂地區的名義殺入伊犁。
艾拉汗正在全力以赴應對阿古柏的進攻，沒想到沙俄在背後捅了一刀，很快敗退下來。
沙俄搶在阿古柏之前占領了伊犁地區。艾拉汗戰敗被俘。
沙俄派人去找阿古柏，以承認“哲德沙爾”汗國為條件，跟阿古柏簽訂通商條約，向阿古柏出售軍火。它一麵扶植阿古柏，一麵假惺惺地向清朝表示：一旦清軍收複新疆，伊犁“即行交還”。它認定清軍沒有能力收複新疆。
當時清軍正忙於平定陝甘回亂，無暇顧及新疆。
時任陝甘總督的左宗棠強烈要求收複新疆。清廷一邊跟俄國人進行外交交涉，一麵讓左宗棠加速清剿陝甘回亂，準備進軍新疆。